Frits Clausen blev født i Aabenraa af dansksindede forældre og gjorde under 1. Verdenskrig tysk krigstjeneste, hvor han blev taget fange i Rusland, hvor han sad i fangelejr i perioden 1915-1918. Op til 1920 agiterede Frtis Clausen for en grænse ved Ejderen og tog i 1920'erne del i det danske arbejde i Sydslesvig. I 1924 nedsatte Frits Clausen sig som læge i landsbyen Bovrup mellem Aabenraa og Sønderborg.

I 1930 brød Frits Clausen med Det konservative Folkeparti, mest i skuffelse over ikke at kunne få en mere fremtrædende plads i partiet og deltog derefter i grundlæggelsen af Danmarks Nationalsocialistiske Arbejderparti (DNSAP). Efter et kup mod partiets leder Cay Lembcke i juli 1933 blev Frits Clausen partiets fører, hvilket vil sige enerådende leder med ret til at besætte alle øvrige lederposter i partiet. Fra 1939 til 1945 var han medlem af Folketinget for DNSAP. Efter Danmarks besættelse den 9. april 1940 kæmpede Frits Clausen mod det tyske mindretals bestræbelser på gennem NSDAP-N at få flyttet den dansk-tyske nordpå

Efter besættelsen i 1940 forsøgte Frits Clausen forgæves at få magten ved hjælp af den tyske besættelsesmagt, men Frits Clausens politiske inkompetence var også registreret hos besættelsesmagten, der f.eks. ikke greb ind, da dansk politi anholdt 260 nazistisk orienterede demonstranter under det såkaldte "spadeslag" i Haderslev den 8. december 1940 i Haderslev.

Da Frikorps Danmark blev oprettet i 1941, håbede Frits Clausen på SS-rigsfører Heinrich Himmlers velvilje, men han viste kun Clausen kølighed. I forbindelse med "Telegramkrisen", hvor Hitler følte sig fornærmet over Christian 10.'s korte svar på en fødselsdagslykønskning, var det Hitlers første indskydelse at lade Frits Clausen overtage regeringen i Danmark, men dette blev standset af alle øvrige tyske myndigheders modstand.

Frits Clausen var på den ene side dansk-sindet sønderjyde og modstander af hjemmetyskernes krav om grænserevision, men på den anden side følte han sig tættere knyttet til den tyske nazisme end dansk demokrati. Han havde kun et meget lille politisk format, manglede evne til at samarbejde og var ubeslutsom. På grund af sit til tider voldsomme alkoholforbrug gjorde han sig til en nem skydeskive for politisk satire og modstandere.

Ved rigsdagsvalget i marts 1943 led DNSAP et markant nederlag, og i et sidste forsøg på at afstive sin vaklende position i partiet meldte Frits Clausen sig i september 1943 til tysk krigstjeneste som frivillig militærlæge i Waffen-SS. Han gjorde krigstjeneste en kort periode, inden han i april 1944 vendte hjem. Kort efter nedlagde han sit hverv i DNSAP, som i november 1944 ekskluderede ham af partiet på grund af hans livsførelse med et stort alkoholforbrug og anklager om voldtægt. Frits Clausen levede det sidste år af besættelsen som privatmand og blev anholdt straks ved Danbmarks befrielse den 5. maj 1945.

Frits Clausen sad derefter fængslet frem til sin død den 5. december 1947. Der var forberedt en retssag mod ham med anklager for bl.a. forsøg på at opnå regeringsmagten i Danmark ved tysk hjælp, hvervning til tysk krigtjeneste og for at drive antisemitisk agitation. Anklageren ønskede dødsstraf, men det er tvivlsomt, om det var blevet resultatet.

Frits Clausen blev af sine politiske modstandere udråbt som politisk umulius, hvem Danmark kunne takke for, at nazismen ikke vandst større udbredelse og heller ikke kom til magten efter den tyske besættelse. Clausen var en idealist, hvis evner for praktisk politik var begrænsede, men hvis hævdelse af danskhed, grænsens ukrænkelighed og DNSAP's selvstændighed blev besættelsesmagten for meget.