Grænseforeningen administrerer en del fonde og legater, dels til internt brug som f.eks. Grænseforeningens Kulturpris , dels for unge sydslesvigere som f.eks. Sydslesvigsk Kultursamfund, Arveprins Knuds Kollegium, som ejes af Sydslesvigsk studie- og hjælpefond og Anne Marie og Viggo Bønnerups Fond.

Endelig findes Grænseforeningen e.V., der over for tyske myndigheder er juridisk ansvarlig for Grænseforeningens ejendomme i Sydslesvig.